Svarbiausi sekretoriato uždaviniai yra:
• organizuoti renginius, susitikimus, kuriuose dalyvauja Ministras Pirmininkas, priėmimą pas Ministrą Pirmininką, siekiant užtikrinti sklandų Ministro Pirmininko darbą.

Sekretoriatas, įgyvendindamas jam pavestus uždavinius, vykdo šias funkcijas:
• renka ir analizuoja interesantų prašymus susitikti su Ministru Pirmininku;
• rengia Ministro Pirmininko vizitus Lietuvos Respublikoje bei dalyvauja organizuojant vizitus į užsienio valstybes;
• rengia oficialių užsienio delegacijų ir užsienio svečių priėmimą pas Ministrą Pirmininką;
• atsižvelgiant į planuojamus Ministro Pirmininko susitikimus ir vizitus bei pasitarimus, suderinus su Ministru Pirmininku, rengia Ministro Pirmininko darbotvarkę;
• užtikrina Ministro Pirmininko darbotvarkės įgyvendinimą;
• palaiko glaudžius ryšius su Vyriausybės kanceliarijos struktūrinių padalinių vadovais, perduoda Ministro Pirmininko pavedimus Vyriausybės kanceliarijos darbuotojams, kontroliuoja kaip jie vykdomi;
• rengia pasitarimus pas Ministrą Pirmininką, teikia informaciją Vyriausybės nariams, Ministro Pirmininko politinio (asmeninio) pasitikėjimo valstybės tarnautojams, Vyriausybės kancleriui, Vyriausybės kanceliarijos darbuotojams apie Ministro Pirmininko darbotvarkę, rengiamus pasitarimus, kviečia juose dalyvauti;
• organizuoja oficialių sveikinimų, užuojautų, Ministro Pirmininko padėkų užsienio šalių vadovams ir kitiems žymiems asmenims rengimą;
• tvarko korespondenciją, gautą Ministro Pirmininko vardu su užrašu „Asmeniškai“;
• teikia Lietuvos Respublikos ir užsienio šalių institucijoms, organizacijoms bei piliečiams neįslaptintą juos dominančią informaciją apie Ministro Pirmininko veiklą;
• aprūpina Ministro Pirmininko veiklai reikalingomis techninėmis priemonėmis;
• vykdo kitus Ministro Pirmininko nurodymus.