Svarbiausi skyriaus uždaviniai yra:
• padėti didinti Ministro Pirmininko tarnybos veiklos efektyvumą, įgyvendinti strateginį ir kitus veiklos planus, programas bei procedūras.
• tikrinti ir vertinti, ar Ministro Pirmininko tarnyboje sukurta ir įdiegta vidaus kontrolės sistema pakankama ir veiksminga, ar jos veikla atitinka įstatymus ir kitus norminius teisės aktus, jų vietinių (lokalių) norminių teisės aktų reikalavimus, ar informacija apie finansinę ir ūkinę veiklą yra išsami ir patikima, ar pasiekti nustatyti tikslai ir uždaviniai;
• teikti Ministro Pirmininko kancleriui nešališką ir objektyvią informaciją, išvadas ir rekomendacijas dėl Ministro Pirmininko tarnybos vidaus kontrolės būklės, dėl strateginių arba kitų veiklos planų, programų vykdymo, dėl galimos arba nustatytos veiklos rizikos audituotuose Ministro Pirmininko tarnybos padaliniuose, jai pavaldžiose ir valdymo sričiai priskirtuose viešuosiuose juridiniuose asmenyse.

Skyrius, įgyvendindamas jam pavestus uždavinius, atlieka šias funkcijas:
• tikrina ir vertina Ministro Pirmininko tarnybos ir jai pavaldžių ir valdymo sričiai priskirtų viešųjų juridinių asmenų:
• vidaus kontrolės sistemos funkcionavimą (nustatytų vidaus taisyklių, vidaus kontrolės procedūrų veiksmingumą, pakankamumą bei jų laikymąsi, organizacinės struktūros optimalumą, funkcijų paskirstymo racionalumą, intelekto išteklių panaudojimo racionalumą ir kt.) bei rizikos veiksnių valdymo efektyvumą;
• veiklos atitiktį Lietuvos Respublikos įstatymams, Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimams, kitiems norminiams teisės aktams;
• strateginių ir kitų planų įgyvendinimą, veiklos atitiktį jų tikslams ir uždaviniams, Lietuvos Respublikos valstybės biudžeto asignavimų valdytojų programų vykdymą, joms skirtų lėšų bei valstybės turto naudojimą efektyvumo, ekonomiškumo ir rezultatyvumo požiūriais;
• finansinių bei veiklos ataskaitų duomenų teisingumą, apskaitos informacijos tinkamumą, objektyvumą, pateikimą laiku;
• lėšų, gautų iš Europos Sąjungos bei užsienio institucijų arba fondų, administravimą ir panaudojimą;
• turto apskaitą bei jo apsaugą;
• informacinių sistemų saugumą ir veiksmingumą bei informacinių sistemų projektus;
• atlieka Europos Sąjungos paramos lėšų panaudojimo privalomus patikrinimus pagal Europos Komisijos reikalavimus;
• rengia vidaus audito ataskaitas su išvadomis ir rekomendacijomis, kaip ištaisyti vidaus audito metu nustatytus neatitikimus ir tobulinti Ministro Pirmininko tarnybos ir jai pavaldžių ir valdymo sričiai priskirtų viešųjų juridinių asmenų veiklą bei vidaus kontrolę;
• vykdo pažangos stebėjimą (veiklą po audito);
• rengia Skyriaus veiklos ataskaitą;
• organizuoja ir tvarko Skyriaus raštvedybą, užtikrina tinkamą dokumentų saugojimą ir nustatyta tvarka perdavimą į archyvą;
• atlieka kitas įstatymų, kitų norminių teisės aktų nustatytas funkcijas, Ministro Pirmininko kanclerio nurodymus, susijusius su vidaus auditu.
• Skyrius įgyvendina savo uždavinius ir funkcijas, palaikydamas glaudžius ryšius su Ministro Pirmininko tarnybos padaliniais, keisdamasis su jais reikiama informacija ir dokumentais, kurių reikia vidaus auditui atlikti.